三余中学由革命先烈陆自成于1942年创办，革命家梁灵光、外交家陆维钊、教育家张梅庵、名作家海笑等都曾在此留下光辉足迹。1956年，三余中学重建；1960年，成为南通县首批7所完中、南通地区14所农村重点中学之一；2000年，被评为南通市重点中学；2001年，成为南通市首家股份制学校；2004年，晋级为省二星级高中；2005年，升格为省三星级高中。