北京市长安中学成立于1999年。随着西城区教育布局的调整，西城区教育局将仅有一墙之隔的原北京市第六中学和原北京市第二十八中学合并，整合了两所学校的教育教学资源，形成了一所规模较大、具有较高办学标准的完全中学——北京市长安中学。2000年9月1日，时任北京市市长刘淇同志（原北京六中毕业生）在时任副区长胡红星同志的陪同下，到长安中学参加了开学典礼，并参观了古老的升平署戏楼和学校典雅的环境。