桦甸二中1956年10月成立，前身是石油工业部石油九厂（油页岩矿）子弟小学初中班和集厂子镇戴帽中学，始称桦甸县第二初级中学，1971年改为四年制完全中学，1982年改为六年制完全中学，均称桦甸县第二中学，1988年，桦甸撤县设市，称桦甸市第二中学，现为一所普通完全中学。最初的校舍砖瓦结构呈"丁"字形，建筑面积925平方米。首任校长郭文昇，首任党支部书记于景辉。学校位于桦甸城区东南部高丽帽子北麓、辉发河南岸的小城子，永吉街道光辉委建辉胡同7号，北靠烟白铁路线，南临渤海公路，西接吉林市光辉制药厂家属住宅区，距市区6公里。学校地处山麓，空气清新，环境幽雅。建成后学校经过多次改建和扩建，现有平房９栋，四层教学楼一栋3800平方米。

　　1956年桦甸县成立集厂子镇戴帽中学，唐庸同志任校长。1957年是桦甸油页岩矿兴建时期，石油工业部石油九厂在集厂子镇宏伟上马。为了方便矿工和东部乡镇高小毕业生就近就学，县政府决定在工人家属区建立这所学校，校舍包括食堂、宿舍，建成后由县教育局接管，同时将集厂中学初中班并入二中，唐庸同志随之调任二中教导主任。时称桦甸县第二初级中学，校长由郭文昇同志担任。

　　1974年学校推行"朝阳农学院"经验，在苏密沟的小城子大队二队建立了"五七"分校，全体师生在分校半天学习，半天劳动，接受贫下中农的再教育，分校负责人由二中革委会主任穆尚德同志兼任。1977年8月"五七"分校停办，经过整顿，学校逐步恢复正常教学秩序。时称桦甸县第二中学。

　　2002年7月，桦甸市委、市政府和教育局对教育布局做了局部的调整，原苏密沟中学27名教师、176名学生及其物品等并入二中，原校校长王永树调任四中副校长，原校副校长宋文才同志调任二中副校长，刘勇泉同志担任二中校长，学校仍称桦甸市第二中学。建校后，学校始终隶属于桦甸市教育局。